Поместный собор лишил священнослужителей духовного сана, предав всех жидовствующих проклятью, задержанных заточили. Часть осужденных отправили на родину, где по приказу архиепископа над ними совершались публичные издевательства. Многие из осужденных лишились рассудка, а другие скончались под пытками.

Однако ересь не прекратилась. Среди грамотных людей ходили различные астрономические и астрологические переводы произведений иудейских богословов.

Опасаясь влияния переводных трудов, а также того, что еретики Псалтырь "правят по-жидовски", Геннадий способствовал первому полному переводу Библии на церковнославянский язык (1498 г.).

В борьбе с ересью Геннадия поддержал игумен Волоколамского монастыря Иосиф Волоцкий, который стал главным борцом с жидовствующими (т.е. с нестяжателями). В его "Словах" - посланиях, вошедших в сборник "Просветитель", направленный против еретиков, писано: "С того времени, как солнце православия воссияло в земле нашей, у нас никогда не бывало такой ереси: в домах, на дорогах, на рынке все иноки и миряне, с сомнением рассуждают о вере, основываясь не на учении пророков, апостолов и святых отцов, а на словах еретиков, отступников Христа; с ними дружат, пьют и едят, и учатся у них жидовству. А от митрополита - ссуда сатаны и дьявола - еретики не выходят из дома и спят у ниго". (выделено - П.П.)

О том, что привлекало православных (и не только) в идеях жидовствующих - разговор отдельный.

Иосиф Волоцкий добился того, чтобы заподозренный им в ереси Зосима в 1494 г. отрекся от митрополии, однако столичные еретики стараниями дьяка Федора Курицыка добились назначения архимандрита в Юрьев монастырь в Новгороде своего приверженца Кассияна. И вскоре вокруг него собрались все новгородские еретики. Но Геннадий продолжал их преследовать и там. Поэтому часть из них бежала в Литву и немецкие земли, где они полностью перешли в иудаизм.

Влияние ереси жидовствующих достигло пика,когда невестка Ивана III Елена стала сторонницей жидовствующих, а ее сын Дмитрий был провозглашен наследником великокняжеского престола. Но в начале XVI в. После смерти Федора Курицына и охлаждения из-за семейных неурядиц Ивана III к невестке, Елена с сыном были заключены в темницу, а в 1502 г. наследником был назначен сын великого князя Василий. Наследника поддержал Иосиф Волоцкий - автор "теории" о божественном происхождении великокняжеской власти. Но главный результат его победившей идеологии состоял в том, что церковь перестала быть силой, оппонирующей государственной власти и еретики перестали пользоваться покровительством светской власти.

В конце 1504 г. состоялся церковный собор, на котором обвинителем выступиИосиф Волоцкий. Всех участников ереси собор предал анафеме, а главных из них приговорил к страшным пыткам и смертной казни.

Отголоски ереси жидовствующих были слышны не только при дворе Ивана IV, но и в более поздние времена. Именно при Иване IV резко усилились антиеврейские настроения. При нем евреям было запрещено въезжать в Россию даже на время. В 1545 г. были сожжены товары еврейских купцов из Литвы. В 1550 г. польский король Сигизмунд II Август напомнил царю, что его предшественники свободно впускали в страну польских купцов -- и христиан, и евреев, - а теперь евреям въезд запрещен. В ответном письме Иван IV написал, что "жизнь людей от христианства отводили, а отравные зелья в наше государство привозили, и пакости многие нашим людям давали... И ты бы, брат наш, впредь о жидах нам не писал".

Ненависть царя к евреям особенно ярко проявилась во время Ливонской войны. Московские войска сжигали евреев живьем, вешали или топили отказавшихся креститься вместе с детьми. В 1569 г. При занятии московскими войсками Полоцка, Иван Грозный приказал всем городским евреям креститься. Отказавшиеся перейти в православие (около 300 человек) были утоплены в Двине. Принимавших крещение уводили в плен, иногда превращали в крепостных. Сохранился документ от 1576 г., согласно которому владелец деревни Починок, отписывая Троице-Сергиеву монастырю деревню, оговаривал, что люди "жидовского живота", а также угодья остаются в его собственности.

В первые годы после смерти Ивана Грозного запрет на въезд евреев в Россию соблюдался не так строго, как при его правлении. Так, в 1584 г. Евреи Свибор и Кадыш посетили Москву в составе литовского посольства. Значительное число евреев появилось в Российском государстве в эпоху Смутного времени (1604-1613 гг.). Евреи были ____ поляков, сопровождающих в Москву Лжедмитрия I (1605-1606 гг.), а также приехавших вовремя его правления. По мнению некоторых историков Лжедмитрий II ("тушинский вор"), был крещенным евреем. Другие историки считают, что эти слухи распространялись сторонниками Романовых, чтобы всячески опорочить Лжедмитрия II и его польских хозяев. Во время польского нашествия в Россию евреи служили в польских войсках и в казацких отрядах, выступавших на стороне поляков. Еще большее число евреев сопровождали польские войска, выступая в роли маркитантов.

После окончания смутного времени польские и литовские купцы получили право торговать в приграничных землях, внутренние города были для них закрыты. Это правило распространялось как на евреев, так и на христиан.

Во время русско-польской войны 1632-1634 гг. многие евреи были увезены в плен русскими войсками. К Полянкозавскому мирному договору с Польшей (1635 г.) был приложен указ царя Михаила Федоровича, в котором предписывалось отпустить из Сибири пленных поляков, изъявивших желание вернуться в Польшу. В указе говорилось, что перешедшие в православие поляки и евреи могут, при желании, остаться в России. Подчеркивалось, что это касается и не принявших православие. Местным властям было приказано добавить "хлеба и денег" оставшимся. Однако, когда в 1637 г. польский король Владислав IV обратился к Михаилу Федоровичу с просьбой разрешить въезд в Москву королевскому фавориту Аарону Марковичу, царь потребовал, чтобы послан был католик, а не "жидовин, коих никогда в Москве не бывало". Отношение к евреям было хуже, чем другим иностранцам, но в целом не выходило за рамки общей политики притеснения иноземцев.