Сама идея формирования коллегиальной системы управления государством была подсказана Петру в период его пребывания за границей, и он, где только возможно, искал подтверждения и обоснования своим мыслям о перестройке работы приказов, а возможно и их ликвидации. Я. В. Брюс в этом вопросе становится для Петра первым помощником. Как отмечает историк XIX века С. Князьков, предварительно по указанию Петра были собраны максимальные сведения о работе органов управления в европейских странах и «весь этот материал поступил сначала к Брюсу». Прекрасно зная интересы России, Брюс переводит на русский язык регламенты центральных учреждений Дании, Швеции и других государств, знакомит Петра с учеными, занимавшимися теоретической основой системы государственного управления. Одним из таких ученых был Готвальд Лейбниц, который состоял в переписке со многими монархами Европы. Брюс, познакомившийся с Лейбницем в 1711 году, становится посредником между русским царем и великим ученым. Так возникает переписка не только Лейбница с Брюсом, но и Лейбница с Петром.

В одном из своих писем Петру Алексеевичу Лейбниц писал:

«Опыт достаточно показал, что государство можно привести в цветущее состояние только посредством учреждения хороших коллегий, ибо, как в часах одно колесо приводится в движение другим, так и в великой государственной машине одна коллегия должна приводить в движение другую, и если все устроено с точной соразмерностью и гармонией, то стрелка жизни непременно будет показывать стране счастливые часы».

Петр знал, что ради «счастливых часов» стоило потрудиться, не жалея сил, и, уверовав в эту идею, убеждал всех, что коллегии вводятся «ради порядочного управления» государственными делами, «поправления полезной юстиции и полиции», содержания «в добром состоянии» сухопутных и военно-морских сил, умножения и превращения коммерции, рудокопных заводов и мануфактур. Царские указы разъясняли преимущества, которыми обладали коллегии по сравнению с приказами. Во-первых, у президента коллегии было меньше условий и возможностей для произвола, чем у руководителя приказа. В коллегиях «президент не может без соизволения товарищев своих ничего учинить», в то время «как старые судьи делали, что хотели».

Во-вторых, «истину легче установить при обсуждении какого-либо вопроса многими лицами». В этом случае «что один не постигнет, то постигнет другой». Коллегиально принятые решения, кроме того, будут иметь больший авторитет, чем решения единоличные.

В-третьих, преимущество коллегиальной системы управления состояло в том, что «единоличный правитель гнева сильных боится», в то время как при коллегиальном решении подобные опасения исчезают.

Надо признать, что в эти идиллические представления Петра о коллегиях жизнь внесла свои коррективы. Какой бы совершенной ни была коллегиальная система управления, она не могла устранить ни произвола, ни волокиты, ни страха президента перед вышестоящими чиновниками. Однако, по утверждению Н. И. Павленко, два важных преимущества эта система над приказами все же имела. Первое — в основе коллегиальной системы лежало четкое разграничение сфер управления, что практически отсутствовало в приказном строе. Второе — власть коллегий в той области управления, которой каждая из них руководила, распространялась на всю территорию страны; коллегии положили конец такому порядку, когда одним и тем же делом занималось несколько учреждений; исчезли также учреждения, чьи права ограничивались определенной территорией. В итоге достигалась высокая степень централизации государственного аппарата.

А Брюс принялся в башне работать. Тут один генерал приходит и стал выпытывать, что тот приготавливает. А Брюс говорит:

— Да тебе-то что? Ну, приготавливаю. Можешь ли это понять? Я, говорит, в твои дела не вмешиваюсь, ничего от тебя не выпытываю.

А генерал говорит:

— Мое дело иное — я генерал.

— Ну, и я генерал, — говорит Брюс.

А генерал смеется:

— Какой, говорит, ты генерал? Ты кудесник.

Тут Брюс и разъяснил ему:

— Ты, говорит, по атлетам генерал, а я по уму генерал. Сорви, говорит, с тебя аполеты, кто скажет, что ты генерал? Дворник скажут.

Тут генерал рассердился и давай его ругать:

— Ежели, говорит, на то пошло, я твою башку к чертям разнесу! Наставлю, говорит, орудии, да как тресну, так от тебя, стервы, только клочья полетят.

Брюс на это отвечает:

— Ежели я стерва, так зачем же ты пришел ко мне? Пошел, говорит, прочь! — И в шею выгнал генерала.

Вот этот господин генерал, его превосходительство, и распалился, помчался в казарму и отдал приказ, чтобы немедля разбить из орудий Сухареву башню. И сейчас привезли пять орудий, наставили на башню… Вот скомандовали: «пли!» И ни одна пушка не выстрелила. Принялись солдаты мудрить и так, и этак — ничего не помогает, словно это не пушки, а бревна. А Брюс стоит на башне, смеется и кричит:

— Вы — дураки! Зарядили песком орудия и хотите, чтобы они дали огонь.

Генерал приказал разрядить одно орудие. Разрядили. Смотрят — вместо пороха песок и в других то же самое. А народ, который тут собрался, говорит генералу:

— Вы, ваше превосходительство, лучше увозите свое орудие, не то, говорят, Брюс того вам наделает, что век не человеком будете.

Тут генерал и того… испугался и скомандовал, чтобы орудия увозили в казарму. А как привезли, смотрят солдаты — порох настоящий в орудиях. Доложили генералу. А он и руками машет:

— Ну, его к черту, этого Брюса, говорит, с ним только грех один. — И отступил от Брюса.

Яков Вилимович Брюс в процессе формирования коллегий играл ведущую роль. С. Князьков отмечает, что в начале 1718 года, «учинив начало коллегиям, Петр уехал в Москву, оставив новым президентам распоряжение, чтобы они „сочиняли“ свои коллегии и все сведения для этого брали у Брюса».

Из учрежденных в 1717 году коллегий Берг- и Мануфактур-коллегия была особенной. И не только потому, что ее президентом стал русский с иностранной фамилией (Петр установил правило при учреждении коллегий: президент — русский, вице-президент — иностранец). Особенной эта коллегия была уже потому, что она ведала вопросами, которые до этого не решал ни один приказ. Тогда как все остальные коллегии аккумулировали накопленный приказами опыт и фактически продолжали деятельность этих приказов на другом уровне. Объясняется это очень просто: из всех 55 приказов, существовавших в петровское время в России, ни один не ведал промышленным развитием страны, поскольку в масштабах всего государства говорить о промышленности до начала XVIII века не приходилось. Таким образом уникальность Берг- и Мануфактур-коллегии заключалась в совершенно новом круге вопросов, которые должен был решать ее президент со своими подчиненными. Видимо, Петр Алексеевич был уверен, что Брюс способен это успешно сделать.