Фактически Я. В. Брюс привез из Англии для Петра документы, которые стали вскоре основой для будущих преобразований. Кроме того, занятия астрономией становятся одним из главных увлечений сподвижника Петра. Именно в 1699–1701 годах происходит окончание строительства здания Сухаревой башни, которая приспосабливается под учебно-просветительское учреждение и обсерваторию. Поэтому работами по переоборудованию Сухаревой башни Брюс активно занимается именно в этот период. Ни о каких собраниях «Нептунова общества» в Сухаревой башне речи быть не могло. Мало того, работать в оборудованной им обсерватории Брюсу было просто некогда. Его деятельность была связана с военными походами и производствами, которые проводились далеко от Москвы, и к обсерватории на Сухаревой башне он, к сожалению, более не имел никакого отношения.

Кроме того, что Брюса в легендах ошибочно называют первым директором школы математических и навигацких наук, утверждается и то, что он работал в обсерватории, занимаясь астрономическими наблюдениями и астрологическими предсказаниями, хранил там «черные отреченные книги», колдовал и даже держал там железного дракона, однажды им прирученного. Уверен, нет смысла отвечать на эти нелепости, которые и появились только благодаря ограниченному сознанию русских обывателей, верящих во всякого рода чудеса и небылицы. Обидно, что по инерции, подчиняясь «общему мнению», эти нелепости в своих исследовательских работах высказывали самые разные ученые в XIX и XX веках. А уж в нашем, XXI веке эти нелепости достигли такого масштаба, что со страниц книг и с экрана телевизора звучит самая разнообразная информация о пребывании Брюса в Сухаревой башне, о занятиях его разными магическими действиями, предсказаниями. Договорились до того, что утверждают, будто место, где стояла Сухарева башня, обладает каким-то особенным силовым полем и является аномальной зоной. При этом элементарная неграмотность авторов этих измышлений, литературных и телевизионных редакторов, готовых дать любую сенсационную информацию, приводит к тому, что местом этим называется парк на Сухаревской площади, точнее, то место парка, где в 1996 году в ознаменование 300-летия Военно-морского флота России был установлен закладной камень, на котором написано, что здесь стояла Сухарева башня, в которой с 1701 по 1715 год размещалась школа математических и навигацких наук. Так вот авторы данных измышлений и иже с ними даже не подозревают, что здание стояло совсем не там, где был установлен камень, а метров на двести восточнее, на пересечении современного Садового кольца со Сретенкой и проспектом Мира (бывшая улица Мещанская), поэтому замерять энергетику и говорить об аномалиях нужно там, где сейчас существует подземный переход на Сухаревской площади.

Однако упорно распространялась информация о тайных книгах, хранящихся в Сухаревой башне, о подземных ходах, которые от этого здания идут к Брюсовым домам.

В частности, благодаря этим измышлениям дом на проспекте Мира, 14, построенный во второй половине XVIII века, упорно называли «Домом Брюса». Поводом для такого рода информации стала находка, сделанная в начале 1920-х годов исследователями, членами краеведческой комиссии «Старая Москва», которые при обследовании этого здания определили, что из подвального помещения дома идет подземный ход в сторону Сухаревской площади. И по аналогичной схеме связали этот дом с Брюсом, посчитав, что именно он такой ход сделал между Сухаревой башней и этим зданием. И снова причиной такого нелепого предположения стали легенды о Сухаревой башне и Брюсе.

Не могу не сообщить дорогим читателям, что в упомянутом доме на проспекте Мира в настоящее время работает удивительный музей, — государственное учреждение культуры Москвы «Садовое кольцо», — представляющий историю Мещанского района Москвы и выступающий организатором общественного фонда по возрождению Сухаревой башни. В музее трудятся удивительные люди во главе с его руководителем Ольгой Эдуардовной Ивановой-Голицыной, человеком, болеющим за дело возрождения легендарной московской красавицы.

Еще одно место, согласно легендам связанное с Брюсом, находилось в Немецкой слободе на Вознесенской улице (современная улица Радио), близ Горохового поля. Это место «проживания» Брюса часто фигурирует в разных повествованиях о Якове Вилимовиче. Поскольку на Вознесенской улице в лютеранской кирхе Святого Михаила было его захоронение, считается, что его дом находился рядом с кирхой. И, несмотря на то что ни кирхи, ни дома, ни могилы не сохранилось, «дух Брюса продолжает незримо витать над этими местами, простирая свое влияние и на Басманную слободу, и на Красное село, и даже на Лефортово». Это цитата из вступительной статьи В. М. Боковой к книге «Московские легенды». Здесь же исследовательница сообщает: «Еще в эпоху романтизма русские литераторы учуяли явственный запах чертовщины, веявший в этих местах. Антоний Погорельский развернул здесь действие двух фантастических повестей — „Исидора и Анюты“ и „Лафертовской маковницы“. На Басманной, до переезда на Никитскую, жил пушкинский гробовщик.

Впоследствии традиция была продолжена и завершена блестящей фантасмагорией А. В. Чаянова „Необычайные, но истинные приключения графа Федора Михайловича Бутурлина, описанные по семейным преданиям московским ботаником X. и иллюстрированные фитопатологом У.“.

Фантасмагория Чаянова была написана уже в 1920-е годы, когда появился новый всплеск интереса к Брюсу как колдуну и чернокнижнику.

Сюжет повести незамысловат. Речь идет о графе, светском льве, любителе карточной игры, ловеласе, жившем в конце XVIII века, когда „в кусковском театре блистала Прасковья Жемчугова“.

По сюжету главный герой однажды оказывается у дома на Разгуляе — современное здание на углу начала Доброслободской и Спартаковской улиц. Здесь у него происходит неожиданная встреча с графом Брюсом — дряхлым стариком „в мундире петровских времен, увешанном звездами и орденами и с зеленым зонтиком на глазах, защищающим старческое зрение от нестерпимо яркого мигания свеч“.Оказалось, „что он более пятидесяти лет не видал ни одного живого человека, и в то же время оказывалось, что он доподлинно знает всю подноготную о всех знакомых и друзьях Бутурлина лучше, чем сам Федор“.

Во время нескольких встреч с Брюсом происходят разные фантастические вещи, которые ошеломляют Бутурлина. А во время одной из встреч в неурочное время дряхлый старик произносит такую фразу: „Не осуди старика, голубчик Федор Михайлович, за плохой прием… отпустил я сегодня своих покойников на Ваганьково в могилках отдохнуть… Легко ли мертвому человеку здесь денно и нощно кости свои гнуть…“».