В конце апреля 1945 года генерал-полковник Жданов потребовал от Маннергейма ареста и выдачи в качестве военных преступников 22 человек русской национальности, имеющих и не имеющих финское гражданство. Одновременно министр внутренних дел, без согласия президента и правительства, арестовал этих людей, которых тайно увезли в Ленинград, где их следы и затерялись. Узнав об этом, Маннергейм предупреждает руководителей Союза бывших юнкеров Николаевского кавалерийского училища в Хельсинки Эдуарда Менда и Михаила Небо о советской опасности и помогает им скрыться.

Все эти действия «ищеек Жданова» окончательно развенчали в глазах Маннергейма «русский патриотизм» генерал-полковника, который на деле оказался пустыми словами.

Президент Финляндии, сославшись на состояние своего здоровья, отказался от всех контактов со Ждановым, поручив их премьер-министру.

6 июня 1945 года по требованию Союзной контрольной комиссии главнокомандующий Вооруженными силами Финляндии генерал от инфантерии Эрик Хейнрикс был снят со своего поста, как и генерал-лейтенант Аксель Айро.

10 августа 1945 года были восстановлены дипломатические отношения Советского Союза с Финляндией. Чрезвычайным и полномочным послом стал Павел Орлов.

13 сентября в Хельсинки были избраны 12 членов суда и назначена следственная комиссия по делам ответственности за войну. Когда Маннергейм получил для утверждения список виновников войны, он сказал: «Я не могу такого подписать. Могу только поставить свое имя первым в списке».

В четверг 18 октября 1945 года маршал Маннергейм по состоянию своего здоровья, что подтвердил медицинский консилиум, перестал выполнять обязанности президента Финляндии, возложив их на премьер-министра Паасикиви. Через четыре дня маршала в частном порядке у него дома допросили члены следственной комиссии, задав 25 вопросов.

Как президент, Маннергейм пользовался неприкосновенностью, правда, это не имело большого значения для Москвы. Однако Сталин понимал, что предать суду старого маршала — значит бросить на скамью подсудимых саму идею независимости Финляндии, а этого он не хотел.

Суд над финскими виновниками войны начался в Хельсинки на Шнельманкату в Доме сословий в четверг 15 ноября 1945 года — на следующий день после начала Нюрнбергского процесса. Во многом этот процесс был сведением внутриполитических счетов.

По доносу в Финляндии была раскрыта военизированная организация, имеющая большие склады оружия, подготовленные для ведения партизанской войны в случае оккупации страны русскими. Суду были преданы 1500 человек, во главе с ближайшим помощником Маннергейма генерал-лейтенантом Айро, который пробыл в тюрьме три года.

В больнице Красного Креста, где лежал Маннергейм, его посетил генерал-лейтенант Г. М. Савоненков, который сообщил маршалу, что он не будет привлечен к суду как военный преступник и советское руководство не требует его отставки, а тем более — ухода из политической жизни страны.

В начале осени 1945 года состояние здоровья Маннергейма резко ухудшилось. Его мучили острые боли в желудке, и он опасался, что, подобно трем своим сестрам, болен раком. Однако врачи установили, что у него язва желудка, и предложили ему отдых в Португалии. От санатория в Крыму, который ему настоятельно рекомендовал советский посол Орлов, маршал отказался. Тогда Жданов, к которому обратился Паасикиви, запретил поездку в Португалию, но через четыре часа изменил свое решение. Что произошло за это время — стало известно недавно. Барон у себя дома принял двух неожиданных посетителей — личного представителя Сталина и переводчика лейтенанта Петрова. Полковник передал Маннергейму конфиденциальное послание генералиссимуса, о котором Жданов не знал. Сталин писал, что Маннергейма не привлекут к суду как военного преступника и он может свободно ехать за границу.

3 ноября 1945 года маршал Маннергейм вместе со своим врачом профессором Лаури Калайа и адъютантом полковником Рагнаром Грёонвалл, через Стокгольм, Париж и Мадрид, отправился в Португалию на курорт с африканским климатом Пража де Роча.

На испанской пограничной станции барона встретили с большой помпой, его посадили в вагон-салон бывшего главы государства маркиза Мигеля Примо де Ривера. Губернатор произнес речь, а герцог Сарагосский занял место машиниста поезда. В Мадриде Маннергейма навестил брат главы испанского государства Франциско Франко, Николас, который передал привет от каудильо. Барон хотел побывать в Толедо, но потом отказался и отправился в Лиссабон, а затем на курорт Пража де Роча, где остановился в гостинице «Бела Вистон». Здешние врачи избавили его от хронического воспаления легких, подлечили язву желудка. На курорте он провел шесть недель, разъезжая на автомобиле диктатора Салазара. Почта из Финляндии через Швецию поступала не регулярно. Маннергейм страдал из-за полной изоляции от родины, думая, что Паасикиви отстранил его от политической жизни страны и «положил на полку архива». В Португалии Маннергейм встречался с премьер-министром Салазаром и с президентом Кармоне, принимавшим его в своем старом дворце, убранство которого говорило о блестящей истории этой страны как морской державы.

В Париже из-за повторного появления болей в желудке маршал лег в больницу, где пробыл недолго. Тогда же он встретился с дочерью Софьей, побывал на могиле жены. Рождество Маннергейм провел тоже в Париже, так как билет на самолет до Стокгольма ему не достали, и только 29 декабря он вылетел туда.

3 января 1946 года маршал прибыл в Хельсинки и сразу лег на три недели в больницу Красного Креста.

В среду 9 января возобновился суд над виновниками войны. 12 января все финские газеты начали писать о тяжелой болезни Маннергейма и о том, что президент нуждается в полной изоляции и отдыхе в течение шести недель и, возможно, он примет решение об отставке.