И время было очень тяжелое: отношения между Польшей и тевтонским орденом снова сильно ухудшились, и Вармийской епархии пришлось трудно: орден опять стал стремиться присоединить Вармию к своим владениям. Это обстоятельство побудило Эрмеландский капитул искать защиты и помощи у польского короля Сигизмунда. Но, обратившись за помощью к нему, члены капитула побаивались, как бы и он со своей стороны не лишил капитул его феодальных прав. Поэтому переговоры о помощи Польши тянулись долго, а пока шли переговоры, вооруженные отряды ордена вторглись в Вармию и произвели большие грабежи и опустошения. И Польша, и орден готовились к войне, причем орден обратился за помощью к Германии и к Московскому великому княжеству.

На грабежи и опустошения, чинимые орденскими отрядами, капитул жаловался гохмейстеру ордена Альбрехту, ссылаясь на то, что капитул не находится в войне с орденом, но это нисколько не помогло. Кнехты (солдаты) гохмейстера Альбрехта врывались в Вармию, грабили и жгли деревни, села и даже города: в городе Мельзаке, находившемся в ведении Коперника, они, например, выжгли предместье; на жалобы же капитула гохмейстеру последний отвечал, что грабежи производятся «никому неведомыми людишками» и орден в них нисколько не повинен.

В конце-концов напряженное положение разразилось настоящей войной. Войска Альбрехта наводнили Вармию пользуясь тем, что своего войска Вармия почти не имела; польских же войск там сначала совсем не было. Война велась жестокая: опустошались поля, вырубались и истреблялись сады, выжигались целые селения, избивались и уводились в плен жители. Население Вармии укрывалось в лесах.

Надо, однако, сказать, что не одни рыцари грабили вармийских крестьян. Союзники капитула — польские войска — тоже вели себя с населением не стесняясь. Дело в том, что король Сигизмунд послал, наконец, некоторое количество войск для защиты Вармии от тевтонских рыцарей, и на границах орденских владений все время происходили жестокие стычки. Но затем король польский вынужден был для отражения нашествия крымских татар отозвать почти все свои войска обратно. И только в 1519 году, в начале декабря, Сигизмунд вступил со своей армией в пределы Пруссии. К этому времени тевтонские рыцыри уже занимали часть Вармии.

Николай Коперник в это напряженное и беспокойное время продолжал жить в Алленштейне, и только в ноябре 1519 года выехал из Алленштейнского замка и отправился во Фрауенбург. Как раз в дороге застигла его весть о том, что польский король перешел границу Пруссии. Это означало беспощадную войну с орденом, и надо было к ней готовиться.

Война между орденом и Сигизмундом тянулась почти 15 месяцев с переменным успехом. Рыцарские войска, заняв большую часть Вармии, в начале 1520 года стали подходить к Фрауенбургу. Коперник в то время был уже во Фрауенбурге; в Алленштейнском замке заменял его временно другой «администратор», каноник Иоганн Крапитц.

Находясь во Фрауенбурге, Коперник, конечно, ощущал, как и другие, всю тягость войны. Некоторые каноники и прелаты Вармийского капитула при приближении рыцарей и их жестоких кнехтов к Фрауенбургу позорно бежали: одни — в Данциг, а некоторые — подальше, в другие города Германии, спасаясь от военной грозы и неурядицы. Коперник остался во Фрауенбурге. Более того, он как раз в это тревожное время все-таки находил возможность заниматься научной работой и производил нужные ему наблюдения со своим излюбленным параллактическим инструментом и квадрантом.

Во время нападения рыцарей на Фрауенбург Коперник проявил большую энергию и распорядительность. Рыцарские войска не смогли взять города и, наконец, сняв осаду, ушли. Вообще война сравнительно мало отразилась на городах и крепостях Вармии, где отсиживались привилегированные; вся тяжесть войны пала на крестьянское население, беззащитное перед закованными в латы рыцарями.

Епископ Фабиан, как мы говорили, вел политику нейтралитета. Поэтому оба противника — и король польский, и гохмейстер ордена — считали его своим тайным врагом, и оба брали всякого рода контрибуции с Вармийской епархии.

Значительным событием во время описываемой войны было взятие войсками Альбрехта самого большого и богатого города Вармии — Браунсберга в новогоднюю ночь 1520 года. Альбрехт взял этот богатый город военной хитростью. Епископ Фабиан находился в это время в городе Эльбинге; узнав, что Браунсберг взят, он спешно выехал в Гейльсберг, свою резиденцию. Там он нашел ожидавшие его письма от великого магистра Альбрехта, приглашавшие его прибыть в Браунсберг для переговоров Епископ Фабиан сам ехать не решился, но послал для переговоров с Альбрехтом двух наиболее способных из оставшихся в Вармии каноников. Одним из этих каноников, посланных для переговоров с грозным Альбрехтом, был Николай Коперник.

Сохранилась охранная грамота, присланная на имя Николая Коперника из только-что взятого орденскими войсками Браунсберга. С этой охранной грамотой Коперник ездил на свидание с гохмейстером Альбрехтом. Переговоры с Альбрехтом ни к чему не привели, ибо последний требовал, чтобы епископ и капитул присягнули ему в верности.

После неудачной попытки взять Фрауенбург этот город больше не подвергался военным набегам, так как гохмейстер Альбрехт свои главные силы направил в восточные и южные части Эрмеланда. Когда же король Сигизмунд послал большие силы навстречу и в обход орденских войск, причем польские войска проникли не только к Браунсбергу, но и достигли даже Кенигсберга, войскам Альбрехта пришлось уже обратиться к обороне и прекратить свои набеги и экспедиции. К тому же и великий князь московский заключил мир с королем польским, а у ордена стало нехватать денежных средств на военные действия. Все это привело к тому, что великий магистр Альбрехт вынужден был просить перемирия. Переговоры о перемирии начались в Торне в июне месяце, но были прекращены после прибытия новых свежих войск из Германии на помощь ордену.